Галльская война завершилась присоединением к Римской республике огромной территории в 500 тысяч квадратных километров, где проживало несколько миллионов человек. В Галлии (современные Франция, Швейцария, Бельгия) первое время сохранялась племенная организация и власть вождей, но за их деятельностью надзирал и взымал наложенную контрибуцию римский наместник. На завоеванных Юлием Цезарем землях были построены военные поселения – каструмы, которые поначалу служили только как место дислокации римских легионов. Со временем солдаты вступали в контакты с женщинами местных племен, мужчины которых были уничтожены в Галльской войне. Смешанное потомство оседало в каструме, создавая гражданские и торговые кварталы. Вышедшие в отставку ветераны селились вокруг каструма на розданных им земельных участках. При росте численности населения за счет прибывающих из Италии колонистов и торговцев начиналось строительство крупных объектов инфраструктуры (форум, амфитеатр, ипподром, акведук). Каструм становился городом и получал статус колонии, то есть его жителей приравнивали в правах к жителям Рима.
В Галлии под началом Цезаря служило несколько легатов, впоследствии сыгравших заметную роль в римской истории, и среди них — Луций Мунаций Планк. Надпись на его надгробии свидетельствует о том, что он в 44 году до н. э. основал город Аугуста Раурика на месте римского военного поселения на левом берегу Рейна в 20 км от современного Базеля. В городе с населением 20 тысяч человек были построены храмы, бани, общественные здания, акведук, форум и крупнейший к северу от Альп римский театр вместимостью 10 тысяч мест.
В III веке наступает кризис Римской империи, когда было провозглашено 29 императоров, из которых только один умер ненасильственной смертью. Упадок в экономике, ремеслах, торговле, нестабильность государственного управления, внутренние и внешние военные столкновения привели к временной потере контроля Рима над рядом провинций и областей. Северная часть империи страдала от постоянных вторжений франков и алеманнов, причем первые опустошали римскую территорию вплоть до Южной Испании, а последние в своих набегах проникали даже в Италию. В 260 году воины древнегерманского племени алеманнов разрушили римский город Аугуста Раурика.
В следующем столетии алеманны несколько раз пересекали Рейн, подвергая разграблению город. Дошло до того, что при восшествии на престол нового императора приглашенные на торжества в Рим послы алеманнов были оскорблены грубым и высокомерным обхождением имперского казначея, уменьшившего ценность и количество подарков, на которые они имели право по договору. Они расценили это как нанесенную их нации обиду и вспыльчивые алеманнские вожди стали собирать войско для нового вторжения. Отправленная на защиту римская армия еще не успела перейти Альпы, как галльские селения уже были объяты пламенем, а пленники уведены в германские леса.
Подошедшая многочисленная и хорошо организованная римская армия под командованием императора Валентиниана I пересекла Рейн в нескольких местах и вторглась на германские земли. В решающем сражении при Солициниуме (368 год) алеманны потерпели полное поражение, но император не помышлял о продвижении вглубь Германии и занялся созданием оборонительной линии на галльской границе. Была построена цепь дозорных башен, укрепленных форпостов и каструмов: так в 374 году на высоком скальном берегу Рейна появилось римское военное поселение Basilea, на месте которого возник современный город Базель.
В житие христианской святой мученицы Урсулы рассказывается как она в сопровождении 10 невинных дев и 1000 целомудренных служанок на 11 кораблях отправилась из Британии в трехлетнее паломничество. Корабли доплыли до Базеля, откуда девы отправились пешком в Рим. К процессии Урсулы с девственницами присоединился епископ Базеля Пантал, который на обратном пути из Рима был убит гуннами вместе со Святой Урсулой. Современные историки не располагают достоверными данными о жизни и деятельности первого базельского епископа Пантала, а некоторые считают сведения о нем позднейшей средневековой легендой.
Первоначально резиденция епископа размещалась в городе Аугуста Раурика и после его разрушения алеманнами была перенесена в новое римское поселение Basilea. К VII веку Базель превзошел древний город, начав чеканить свои золотые мелкие монеты весом 1,5 гр. и стоимостью в треть солида.
В следующем веке Пипин Короткий, первый король франков из династии Каролингов и отец Карла Великого, начал войну против алеманнов, которая продолжалась три года. Алеманны постоянно бунтовали и норовили выйти из-под власти франкского короля. В 746 году Пипин Короткий собрал всех алеманнских вождей на переговоры, обвинил их в измене и казнил. Земли алеманнов были конфискованы и перешли под полный контроль франков, уцелевшие жители стали платить дань и отдавать воинов в войско победителя. Привлеченный стратегически выгодным расположением Базеля, Пипин Короткий задумал превратить его в одну из важных опорных точек королевства франков на Рейне, и приложил немало сил для развития и укрепления города. Он разместил в нем сильный гарнизон, укрепил крепостную стену и защитные башни.
Особое внимание Пипин Короткий уделял распространению христианской веры на завоеванных землях и стал инициатором реформы церкви в своем королевстве. Он создал церковную иерархию с епископом в каждом городе и митрополитом в каждой провинции; установил ежегодное проведение соборов для обеспечения дисциплины среди духовенства и укрепления христианской религии; возвратил церкви ранее отобранное имущество и земли; ввел принцип десятины — выплаты каждым жителем королевства десятой части своих доходов в пользу церкви. В 740 году Пипин Короткий официально признал Базель резиденцией епископа: базельский епископ стал главной опорой и основным проводником политики короля франков в регионе.
Основатель империи Каролингов Карл Великий, впервые после падения Римской империи объединивший бо́льшую часть Европы, покровительствовал базельскому епископу Хайто. Епископ отличался большим умом, образованностью и знал несколько языков. Как доверенное лицо Карла Великого епископ Базеля провел переговоры с императором Византии и в 812 году добился от него признания Карла императором. Щедрой наградой за такой дипломатический успех стало провозглашение базельского епископа верховным повелителем города Базель и всего окружавшего его огромного региона, включая 
Берн и близлежащие территории Германии и Франции. По приказу епископа Хайто был возведен каменный собор Базеля, ставший главным христианским храмом города и всего епископства.
После распада империи Каролингов Базель вошел в состав Бургундского королевства, затем в Священную Римскую империю, где епископ базельский стал князем-епископом, обладавшим всей полнотой высшей власти — как духовной, так и светской. В XI веке базельские епископы оказались втянуты в противостояние между римским папой и императором Священной Римской империи в борьбе за власть над католическим миром средневековой Европы. Конфликт, угрожавший существованию престола Святого Петра и известный как «борьба за инвеституру», начался как борьба за право назначать епископов и аббатов. В 1075 году папа Григорий VII запретил императору Генриху IV вручать инвеституру прелатам и отстранил нескольких германских епископов. В ответ император собрал высшее немецкое духовенство и объявил о низложении папы. Епископы и архиепископы единогласно поддержали Генриха IV, поскольку были не только духовными лицами, но и имперскими князьями, а в желании папы распределять церковные должности увидели непосредственную угрозу для себя. Среди них был и базельский епископ Фенис.
Император направил папе Григорию VII письмо следующего содержания: «Не папе, но вероломному монаху. Это приветствие ты заслужил, сеятель вражды, ты, кого проклинают, вместо того, чтобы благословлять в каждой святой обители и церкви. Архиепископов, епископов и священников ты попираешь, словно рабов, лишенных воли. Христос призвал меня на трон империи, но не тебя на папский престол. Ты занял его хитростью и обманом, презрев свои монашеские обеты, ты с помощью золота приобрел покровителей, с помощью покровителей — войско, и с помощью войска — престол мира, и заняв его, ты нарушил мир. Я, Генрих, милостью Божьей король, со всеми нашими епископами взываю к тебе: «Пади, пади!». Тогда папа отлучил императора от церкви и освободил его вассалов от обязательств верности, чем немедленно воспользовались немецкие князья, объявив об отказе подчиняться императору.
Германская аристократия на рейхстаге потребовала от Генриха IV примириться с папой, пригрозив провести через три месяца выборы нового императора. Признав свое поражение, Генрих IV с горсткой приближенных, среди которых был базельский епископ Фенис, отправился на встречу с папой в северо-итальянский замок Каносса. Сняв королевские одежды и надев власяницу, босой император ждал папской аудиенции у ворот крепости три январских дня 1077 года. Наконец ворота открылись, Генриха IV впустили в замок, где он встал на колени перед понтификом, умоляя о прощении. Григорий VII простил императора и снял отлучение, а выражение «хождение в Каноссу» стало символом унижения и капитуляции. Восстановленный в правах императора Генрих IV щедро вознаградил всех сопровождавших его и не отступившихся от него в самую трудную минуту — и в первую очередь базельского епископа Фениса.
Пользуясь поддержкой императоров, князья-епископы Базеля укрепляли и расширяли город: в 1100 году были построены городские стены, в 1225 году – первый мост через Рейн на месте современного Среднего моста. Благодаря этому мосту Базель стал одним из важнейших пунктов на оживленном торговом пути из Германии в Италию, который пролегал через перевал Сен-Готард, что заметно увеличило финансовое и экономическое могущество города. Строится здание ратуши, в которой заседает городской совет дворян и представителей 15 ремесленных гильдий. По мере роста могущества и силы торговцев, ремесленников и богатых горожан князь-епископ Базеля постепенно терял свое могущество. Его казна заметно истощилась и чтобы пополнить ее, епископу пришлось заняться распродажей собственных земель.
К концу XIV века город стал практически независимым, хотя номинально продолжал присягать епископам, и Габсбурги попытались получить контроль над Базелем. Восстание 1376 года, известное как «Злой карнавал» (Böse Fasnacht), привело к убийству нескольких дворян из свиты герцога Австрийского, а сам герцог сбежал на лодке. И хотя городской совет казнил 12 предполагаемых преступников, на Базель был наложен штраф 8000 гульденов и город перешел под контроль Габсбургов. Лишь после поражения и гибели герцога Австрийского в битве при Земпахе, где ему противостояла объединенная армия швейцарских городов, Базель в 1400 году получил фактическую независимость, как от епископов, так и от Габсбургов.
Вскоре Базель оказался в центре борьбы за верховную власть в католической церкви, когда многие епископы и кардиналы провозгласили верховенство церковных соборов над властью папы и потребовали регулярных созывов вселенских соборов. В 1431 году открылся Базельский церковный собор, работа которого продолжалась почти 20 лет. Собор был созван для реформирования церкви, решения вопроса об учении Яна Гуса и урегулирования военного конфликта с гуситами.
Новоизбранный папа Евгений IV выступил против Базельского собора, созванного его предшественником, и сразу попытался распустить его, рассчитывая созвать верных ему делегатов в другом городе и утвердить угодные ему решения. Но уже собравшиеся в Базеле епископы со всей Европы отказались подчиниться решению папы, заявив, что собор представляет всю церковь и получает свою власть непосредственно от Христа, следовательно, все, включая папу римского, обязаны повиноваться собору. Эту позицию поддержал император Сигизмунд, другие европейские государи и делегаты потребовали, чтобы папа лично явился в Базель для урегулирования конфликта, угрожая в случае неподчинения судить его и лишить сана. Крайне сложное положение папы Евгения IV усугубилось восстанием против него жителей Рима, из-за которого он вынужден был бежать в одежде простого монаха во Флоренцию под защиту могущественного семейства Медичи. В условиях ослабления своих позиций понтифик вынужден был пойти на уступки и отменить решение о роспуске Базельского собора, признав как сам собор, так и принимаемые на нем решения.
В Базеле католические иерархи решили, что для преодоления церковного кризиса и всеобщей реформы церкви необходимо ограничить папскую власть и расширить полномочия вселенских соборов как верховных органов западной церкви. Базельский собор принял ряд декретов: о регулярном проведении соборов, против распущенности духовенства, против необоснованного вынесения папским судом отлучений и интердиктов, объявил об отмене ряда поборов в пользу папской курии. При восшествии на престол папа был обязан дать клятву регулярно созывать соборы и подчиняться принятым на них решениям. Коллегия кардиналов наделялась новыми полномочиями, позволявшими ей контролировать принятие решений папой. Число кардиналов ограничивалось 24, при этом представители одной нации не должны были составлять более 1/3 от их общего числа.
Продолжавшиеся гуситские войны и неудачные крестовые походы против гуситов стали основанием для приглашения на Базельский собор делегации из Чехии. Легатам собора удалось найти дипломатическое решение, расколов единство гуситских представителей, пойдя на компромисс с умеренными гуситами — «чашниками» и отклонив предложения радикальных гуситов – «таборитов». Были заключены так называемые «Пражские компактаты», по которым католическая церковь признала гуситов как религиозную конфессию, но с ограничительными оговорками, по существу сводящими на нет требования гуситов. Гуситская конфессия получила статус земской, что ограничивало ее распространение только на территории Чехии. Признавалась свобода проповеди, но право на такую проповедь имели только священники, назначенные епископами и подчиненные им. Преступление и смертные грехи должны наказываться, но право карать предоставлялось не частным лицам, а властям, причем лиц духовного звания судили и наказывали духовные, а мирян — светские судьи. За духовенством признавалось право владеть и управлять имениями, захват церковных владений объявлялся святотатством. Из требований радикальных гуситов признали лишь одно – причастие мирян вином из чаши, что уравнивало простых верующих с клириками-священнослужителями в важнейшем христианском таинстве Евхаристии. Удовлетворение «требования чаши» превратилось в пустую обрядовую формальность, разрешенную чехам по особой милости Базельского собора при условии полного подчинения католической церкви.
Находившийся во флорентийском изгнании папа Евгений IV не мог влиять на решения Базельского собора, которые становились все более радикальными и антипапскими. Но когда он понял, что власть над церковью ускользает из его рук, понтифик вступил в открытую конфронтацию с собором, во всеуслышание заявив о непризнании решений Базельского собора. К этому времени позиции папы значительно укрепились: среди епископов преданной ему курии нашелся один бывший воин с большим опытом, который беспощадно подавил восстание в Италии и быстро восстановил порядок в Риме и Папской области. Случилось еще одно чрезвычайно важное событие — прибытие в Европу византийского императора Иоанна VIII Палеолога.
Византийская империя находилась в шаге от полного уничтожения османскими турками, чьи владения приблизились к предместьям Константинополя. Военная помощь со стороны Европы представлялась византийскому императору единственным шансом на спасение, однако все попытки привлечь ее упирались в противостояние восточной и западной церквей. Только в случае преодоления схизмы объединившееся христианство взялось бы за оружие и начало долгожданный крестовый поход против мусульман.
Прибывшая с византийским императором делегация состояла из 700 человек, и в их число входила группа восточных священнослужителей — никогда столь высокопоставленные православные клирики не приезжали на Запад. Среди них находился патриарх Константинопольский, 18 митрополитов и патриархов Александрии, Антиохии, Иерусалима, Никеи, Эфеса, представители Грузинской православной церкви, митрополит Киевский и всея Руси.
В 1438 году папа Евгений IV открыл в Ферраре Вселенский собор, главным вопросом которого стало заключение унии между Западной и Восточной Церквями. На соборе подробно рассматривались разногласия между католическим и православным вероучениями, особенный упор делался на различиях в догматах: в Символе веры, о чистилище, в совершении таинства Евхаристии. Не раз на заседаниях собора стороны заходили в тупик и готовы были разъехаться, но папа римский и византийский император запретили своим епископам покидать собор до принятия компромиссного решения. В конце концов, православные делегаты были вынуждены уступить католикам почти по всем принципиальным вопросам. Так они согласились с тем, что латинская формула, согласно которой Святой Дух исходит от Бога Отца и Бога Сына, означает то же самое, что и греческая формула, где Святой Дух исходит от Отца через Сына. Вопрос о главенстве папы римского во Вселенской Церкви был очень деликатным и о нем старались говорить как можно меньше.
Во многом благодаря усилиям византийского императора Иоанна VIII Палеолога, который пустил в ход все свое красноречие, а равно и угрозы своим подданным, по всем важнейшим пунктам соглашение было достигнуто. 5 июля 1439 года Акт об унии, который являл собой декларацию согласованных позиций латинян и греков, подписали почти все присутствующие православные и католические иерархи. Папа Евгений IV одержал большую победу — по крайней мере, на бумаге он вернул православную церковь в лоно церкви римской.
Феррарский Вселенский собор вызвал раскол среди участников продолжавшего свою работу Базельского собора, не смотря на то, что сторонники папы демонстративно покинули Базель. Оставшиеся делегаты вступили в открытое противостояние с Евгением IV и потребовали, чтобы папа в течение 60 дней явился в Базель на церковный суд. Значительно укрепившей свои позиции понтифик отлучает от церкви оставшихся участников Базельского собора. В ответ принимается самый известный декрет Базельского собора, получивший название «Три истины», содержащий 3 догмата: верховенство над папой Собора как представительства всей Церкви; папа не имеет права перенести, отсрочить или распустить Собор; тот, кто не повинуется этим двум догматам, объявляется еретиком.
Руководствуясь «Тремя истинами» Базельский собор низлагает Евгения IV, назвав его «еретиком, клятвопреступником и схизматиком», и на его место избирает нового папу Феликса V, бывшего герцога Савойского, в свое время добровольно оставившего светский престол и ставшего монахом аббатства на берегу Женевского озера. Большинство светских государей и правителей посчитали появление антипапы и новый церковный раскол крайне опасными для Европы. На сторону папы Евгения IV встали французский король, германский император и немецкие курфюрсты: Базельский собор был закрыт, Феликс V добровольно отказался от тиары понтифика, став, таким образом, последним в истории католичества антипапой.
Сопровождавшие работу Базельского собора скандалы заметно подорвали авторитет католической церкви среди жителей города. Открытый в 1459 году старейший в Швейцарии Базельский университет стал центром свободомыслия, книгопечатания и местом работы таких мыслителей, как Эразм Роттердамский и Парацельс. Происходило неуклонное сближение Базеля со Швейцарской Конфедерацией, закончившееся вступлением города в Конфедерацию в качестве 11-го члена. Все это увеличивало независимость Базеля от епископа, который сохранял лишь остатки номинальной власти над городом, но уже не мог реально ни на что влиять, как в былые времена. Финальную точку в многовековой истории взаимоотношений города Базеля и Базельского епископства поставила Реформация, которая привела к изгнанию епископа из города.
Реформация привела к промышленному расцвету Базеля благодаря приехавшим в поисках убежища протестантам из Франции, Фландрии и Италии. Богатый город держал в полном подчинении окружающую его провинцию, но под влиянием французской революции в 1831 году недовольные сельские жители подняли мятеж против городской аристократии. После быстрой гражданской войны сельским коммунам удалось отделиться и образовать свой собственный полукантон Базель-Ланд (сельский), который до наших дней разделен с полукантоном Базель-Штадт (город), включающим собственно город и два поселения на правом берегу Рейна. Но это не помешало экономическому росту Базеля как «торговых ворот» Швейцарии с Германией и Северной Францией благодаря постройке гигантских портовых сооружений на Рейне. Прошло уже более 100 лет, но через базельский порт продолжает проходить большая часть швейцарского импорта и экспорта. Также Базель стал центром банковского дела и химической промышленности: ремесленные мастерские, которые несколько столетий назад занимались покраской вытканных эмигрантами-гугенотами шелковых лент, теперь превратились в крупнейшие фармацевтические компании мира и их главные офисы и лаборатории все еще располагаются в Базеле.
