Денисова пещера расположена в долине реки Ануй, на границе Алтайского края и Республики Алтай, в 7 километрах от деревни Черный Ануй. Своё название пещера получила в конце XVIII века, когда на долгие годы стала прибежищем старообрядческого отшельника Дионисия (Дениса). Для староверов близлежащих деревень он был духовным пастырем и они наведывались к нему в пещерную келью за благословением и советом.


Существует древняя легенда о пещере:
Алтайцы именуют пещеру Аю-Таш (Медвежий камень) и в своих старинных преданиях хранят память о том, что в этой тьме обитал могущественный Черный Шаман, способный превращаться в огромного медведя. Этот мифический злодей властвовал над всеми алтайскими кочевьями, принуждая их обитателей платить ему огромную дань. В случае неповиновения он своей колдовской силой собирал над пещерой грозовые тучи, лепил из них огромный валун и скатывал его с вершины горы. И там, где пролегал путь этого камня, шли постоянные грозовые ливни, уничтожавшие посевы и пастбища, обращая людей на голод.
В отчаянии люди обратились за помощью к самому верховному божеству Ульгеню, который победил злодея. Грозовой камень был надежно спрятан в самых дальних галереях пещеры.
Ныне, жители близлежащего алтайского села Черный Ануй обвиняют археологов, многие годы что-то роющих в пещере, в порче летней погоды — по их мнению, достаточно отколоть от шаманского камня крохотный кусочек и длительный ливень гарантирован.


У археологов очень популярным местом является Денисова пещера. Многие ценные для истории вещи были найдены именно здесь. Одно время существовало мнение, что древние люди начали расселяться на Алтае всего лишь 50 тыс. лет до н.э., но находки в Денисовой пещере говорят о том, что люди жили в пещере примерно 280 тыс. лет назад.


При раскопках пещеры найдены орудия труда каменного века, железные орудия труда XIV—XV веками н.э. и останки различных животных.

В середине 2000-х годов в Денисовой пещере были обнаружены останки древнего человека. Ранее предполагалось, что это останки неандертальца, но исследования ДНК фрагментов кости и зубов, обнаруженных в Денисовой пещере, позволяют обоснованно утверждать, что они принадлежат ранее неизвестному виду древнего человека, которого назвали "денисовским или алтайским человеком" — Homo altaensis. За открытие "денисовского человека" академик Анатолий Деревянко в 2012 году был удостоен Государственной премии РФ.


Учёные выделяют 14 слоев, в которых прослеживается ещё по нескольку горизонтов обитания.
На сегодняшний день в пещере идут археологические работы, уже собрали более 50 тыс. ценных экспонатов, которые можно увидеть в музеях Новосибирска, Бийска, Барнаула.
.
Собрания украшений, искусно выполненные подвески из бивней мамонта, медвежьих зубов и поделочных камней.
.
Расположена Денисова пещера на правом берегу реки Ануй. Она имеет широкий вход, который находится с юго-запада горы Сосновой, являющейся частью Ануйского хребта. Денисова пещера горизонтального типа, внизу по течению реки, в 15 километрах, есть ещё одна стоянка древнего периода — Карама.

Денисова пещера возвышается над уровнем моря на 670 метров, имеет площадь в 270 метров квадратных и 110 метров длины. Туристам разрешено посещать грот, который имеет несколько ответвлений, его верхняя часть имеет отверстие через которое в грот попадает свет.
Пещера нам не понравилась, ничего в ней особенного и красивого нет.
Для археологов — это привлекательный объект для раскопок и изучения артефактов, к тому же, очень комфортный: тепло зимой, сухо и прохладно летом.


Вблизи пещеры создан стационарный археологический лагерь института археологии Сибирского отделения РАН. В состав небольшой инфраструктуры входит гостиница, кафе и магазин.
Денисова пещера — объект госсобственности. На региональном уровне собрана документация и регион начинает работу с Министерством культуры РФ по включению объекта в список наследия ЮНЕСКО.