Митрополит Алексий (в миру Елевферий Фёдорович Бякон, между 1292 и 1305 --1378) с 1354 года стал митрополитом Киевским и всея Руси. Обладая исключительным умом и способностями, был фактическим правителем Московского княжества при трёх московских князьях. В те времена религиозные деятели часто принимали активное участие в делах светских. Митрополит Алексий был назначен опекуном 9-летнего князя Дмитрия, впоследствии ставшего Донским, и фактическим верховным правителем Московского княжества. После завершения регентства Алексий стал фактически министром иностранных дел ( так звучала его должность на современный манер) при Дмитрии Ивановиче, впрочем как занимался тем же самым при его отце Иване II Ивановиче Красном. Много усилий было приложено им для для укрепления Московского княжества и объединения русских земель вокруг него. Когда мы говорим "Москва белокаменная", то обычно вспоминаем добрым словом Дмитрия Донского, а фактически организовал с 1366 года возведение каменных стен вокруг Кремля митрополит Алексий.

Известна легенда, рассказывающая о том, как Алексий исцелил от слепоты мать хана Джанибека Тайдулу. За это она дала митрополиту ярлык, в котором говорилось, что Русская Церковь освобождается от всех даней, поборов и насилий со стороны светских властей.

Митрополитом Алексеем был создан Алексеевский (Зачатьевский) женский монастырь для своих сестёр, получивших в монашестве имена Иулиании и Евпраксии Зачатьевский монастырь.Всегда возрождающийся из руин и пепла. Монастырь стал считаться стародевичьим по праву по старшинства над прочими женскими монастырями в Москве, которые возникли уже после его появления. Не случайно перед монастырём стоит памятник митрополиту Алексию Собиратель русских земель и создатель монастырей.

Им было создано заново или возобновлена деятельность нескольких мужских монастырей. С одним из монастырей связана легенда о выборе места для строительства церкви святого Алексия, митрополита Московского, которая встретилась мне майским вечером в Москве.

На сайте храма приводится старинное предание: Это одна из самых красивых и легендарных московских церквей, посвященных святителю Алексию. По преданию, она была построена на том месте, где когда-то стояла его палатка, откуда московский первосвятитель наблюдал за строительством Спасо-Андроникова монастыря, основанного по его обету в 1361 году за чудесное спасение во время шторма.

Изначально деревянная, она была выстроена только в начале XVII века как обыкновенная приходская церковь для местного населения государевой слободы, названной по церкви Алексеевской. Так, строительством слободского храма именно здесь, напротив Спасо-Андроникова монастыря и на месте легендарной палатки его основателя почтили память московского святителя. Более того, жителями слободы были черные тяглецы, то есть обязанные к исполнению государственных повинностей. Может быть, именно поэтому главный престол храма был посвящен покровительнице правящей царской династии России.

Кроме слободы, церковь дала старомосковское имя двум прилегающим к ней улицам — Большой и Малой Алексеевской. В советское время они были переименованы в Коммунистические улицы, потому что именно здесь, на Большой улице, в Октябре 1917 года действовали райком партии, Совет рабочих депутатов и Военно-Революционный Комитет Рогожско-Симоновского района.

Деревянная церковь на этом месте впервые упоминается в 1625 году. В 1700–1701 году был возведён каменный храм с Никольским приделом, а в 1748–1751 году построено новое здание храма, дошедшее до наших дней.

В 1930 году храм был закрыт. В 1931 году ее начали ломать, но полностью разрушать не стали. Внутри размещался завод по изготовлению специальных сплавов, позднее – ремонтно-строительное управление. Облик храма был искажен, купола снесены, колокольня изуродована.

Во времена перестройки хотели здесь разместить культурный центр посольства Франции, но сии планы не свершились вкупе с перестройкой и храм был возвращен верующим.