Церковь освящена во имя преподобного Никиты Столпника, уроженца Переславльской земли. В миру Никита был сборщиком казённых податей и в течение многих лет нещадно грабил горожан, накапливая огромные суммы для себя. Однажды во время богослужения Никита услышал слова из Книги пророка Исайи: "Омойтесь, очиститесь; удалите злодеяния от очей Моих. Научитесь творить добро, защищайте сирот и вдов" и т.д. Всю ночь Никита провёл без сна, обдумывая свою грешную жизнь, а затем оставил дом, семейство, большое имение и принял монашеский постриг. Возложив на себя железные цепи и тяжёлую каменную шапку, Никита уединился на каменном столпе, где день и ночь пребывал в посте и молитве. За раскаяние и духовное подвижничество Никита обрёл дар чудотворений. Он исцелил много немощных, и среди них был черниговский князь Михаил Всеволодович, страдавший параличом конечностей.

Святой погиб насильственной смертью: сияние железных вериг разбойники приняли за блеск серебра и убили Никиту. День преподобного Никиты Столпника православные отмечают 6 июня. Умер Никита в 1186 году. А спустя почти шесть веков, в 1760-х годах зажиточный владимирский купец Семён Лазарев воздвиг во Владимире церковь, назвав её в честь Никиты. В 1849 году при содействии купца П.В. Козлова к Никитской церкви пристроили боковые двухэтажные приделы.

Изначально главной гордостью храма был роскошный иконостас, выполненный в духе времён Екатерины II, с резными царскими вратами, похожими по форме на иконостас Успенского владимирского собора. В 1794 — 1801 годах Никитская церковь послужила образцом для Троице-Тихвинского храма, возведенного в подмосковном городе Дмитрове. В новой постройке дмитровский зодчий почти точно повторил композицию и детали владимирской церкви. В настоящее время Никитская церковь во Владимире не используется для богослужений. В её стенах разместились реставрационные мастерские.