Постепенно Старый госпиталь Дар магистра Роже де Пэна больным и путешествующим стал мал для нужд ордена госпитальеров. Умирая, каталонский магистр ордена Антонио Флювьян де ла Ривьер (Antonio Fluvian de la Rivière) бывший магистром с 1421 по 1437 год, завещал 10 000 золотых монет на строительство большего по вместимости госпиталя. Денег хватило только на первоначальное строительство и поэтому возведение госпиталя продолжалось 49 лет, с 1440 по 1489 год. За время строительства сменилось 5 магистров: Жан де Ластик (Jean de Lastic) был магистром с 1437 по 1454 год, Жак де Милли (Jacques de Milly) с 1454 по 1461, Пьеро Раймондо Цакоста (Piero Raimondo Zacosta ) с 1461 по 1467, Джованни Баттиста Орсини (Giovanni Battista Orsini) с 1467 по1 476), Пьер д’Обюссон (Pierre d’Aubusson) с 1476 по 1503, причём последний был уже Великим магистром.

Хотя больница была на тот момент не достроена, но первые пациенты появились в Новом госпитале уже в 1485 году. Новая больница предназначалась только для лечения, функций ночлежки и гостиницы здесь не было.

Главное здание имело, как и Старый госпиталь, два этажа. На первом этаже были склады и 8 магазинов. Имелись столовая. кухня, бани, колодцы. В большом зале имелись два ряда кроватей с балдахинами и часовня для пациентов.

Ответственным за деятельность госпиталя был Великий Госпитальер, возглавлявший "язык" Франции. Он избирал "брата милосердия", который навещал больных два раза в день. Два советника, назначавшиеся Великим магистром, контролировали деятельность "брата милосердия". Врачи посещали больных два раза в день, а утром капеллан служил молебен. При поступлении в госпиталь больные были обязаны исповедоваться, причаститься и составить завещание в присутствии капеллана и секретаря.

Во время турецкого владения островом в госпитале были устроены казармы для янычаров. Госпиталь был отправлен за пределы стен Старого города.

Сейчас в Новом госпитале размещается Археологический музей.