Kатолический храм в Старом городе Каунаса. Является одним из старейших примеров кирпичной готики в Литве.

Точный год постройки храма неизвестен, примерная датировка — XV век. В 1503 году великий князь литовский Александр сделал его приходским храмом Каунаса. В середине XVI века к зданию была пристроена колокольня. Во время Русско-польская войны, в 1655 году, храм был поврежден и восстановлен только к 1680 году. Примерно в 1750 году к костёлу пристроили деревянный госпиталь. В 1782 году начались годы забвения, когда в костёле жило только 5 монахов Ордена святого Роха. В 1794 году костёл был повторно освящён, а в 1796 проведено его обновление: в нём установили орган и обустроили жилые помещения для настоятеля.

В 1812 году Каунас подвергся крупному пожару, во время которого пострадал и Костёл святой Гертруды. Госпиталь пришёл в негодность, и в 1824 году храм был передан сёстрам Ордена дочерей милосердия. После Январского восстания монастырь был закрыт в 1864 году. В 1880 остатки снесены остатки госпиталя, а в 1921 году костёл передан марианам, основавшим рядом с ней свой монастырь.

В годы советской власти, костёл не действовал. В нём располагался склад медицинского оборудования. В 1988 году здание планировалось снести, однако этому воспротивилась общественность
В 1991 году, после восстановления независимости Литвы, храм был возвращён монахам. Возобновились мессы, в 1992 году была проведена реставрация монастыря и костёла. В 1997 году художник Вайдотас Кваши создал в храме скульптурное изображение крестного пути