Воздвигнутый в 1649-54 годах напротив стрелки Волги и Которосли, храм Иоанна Златоуста — самый гармоничный, цельный и законченный памятник ярославского зодчества. Отказавшись от использования нефункционального подклета, строители компенсировали эту потерю огромными размерами нарядных барабанов и яблоковидных чешуйчатых глав, которые по высоте равны основному зданию.

К 1680-м годам относится изысканное декоративное убранство фасадов церкви. Особенно примечательны богатые, многоцветные наличники, у каждого из которых — особый рисунок.

Уникальная композиция Златоустинского храма в известной степени затруднила задачу строителей зимней церкви Владимирской Богоматери, которая была возведена в 1669 году. Чтобы не нарушать гармонии ансамбля, формы и размеры этой церкви были скопированы с основного храма. В силу своих размеров пятиглавая Владимирская церковь оказалась неприспособленной для своей функции теплой церкви. Ее пришлось разделить на два этажа, причем верхний этаж стал использоваться как чердак.

Связать оба храма воедино была призвана шатровая колокольня, сооруженная в 1680-е годы на равном расстоянии от обоих зданий. За свою высоту и стройность она прозвана "ярославской свечой". Богато декорированный шатер с ажурным ярусом звонов в ней резко контрастирует с полным отсутствием украшений на глухом восьмигранном столпе. Еще одним связующим звеном ансамбля выступают Святые ворота, выполненные в стиле нарышкинского барокко. Как и весь ансамбль, они развернуты в сторону Волги: зодчие рассчитывали на панорамное восприятие храмов с палубы судов, проплывающих по великой реке.