Районный центр — село Усть-Кокса — находится в начале Уймонской долины в месте впадения реки Кокса в Катунь в 400 км от Горно-Алтайска. Из Горно-Алтайска ходит ежедневный автобус с остановками в Туэкте, Усть-Кане, Усть-Коксе и Чендеке (время пути — около 13 часов). Здесь находится центральная усадьба Государственного природного биосферного Катунского заповедника. На территории Катунского заповедника имеются экологические маршруты (экотропы) и научно-познавательные программы для учащихся и студентов.
Село Усть-Кокса является своеобразным центром туризма — началом многих туристских маршрутов, благодаря своему близкому расположению по отношению к Катунскому хребту. Всего на территории Усть-Коксинского района расположено 439 озер. На Катунском хребте находится гора Белуха (4506 м), из многочисленных ледников которой берет свое начало река Катунь. Белуха является самой высокой вершиной в Сибири. Дорога в основном грунтовая. Усть-Кокса — последний населенный пункт, до которого можно добраться рейсовым автобусом из Горно-Алтайска. Дальше регулярного автобусного сообщения не существует, а последние 30 км дороги порой бывают закрыты для автобусов из-за ее плохого состояния.