Галерея Уффици, став в 1765 году государственным музеем, продолжала сохранять вид кунсткамеры, универсального собрания, характерного для этого времени. Наряду с картинами и скульптурами, здесь находились чучела животных и птиц, диковинные раковины, оружие, инструменты и другие экспонаты.
Только в конце XVIII века начала разрабатываться концепция публичного музея по принципу разделения раритетов по различным отраслям науки и искусства. В соответствии с этим, с начала XIX века в Уффици стали проводить систематизацию и разделение коллекций. На базе ее собраний была создана целая разветвленная система государственных музеев: музей оружия, музей ювелирного искусства, музей истории науки, археологический музей.
Особенно важная реорганизация галереи на основе научных принципов была осуществлена в 1905 – 1924 годах, при которой картины были систематизированы по эпохам, школам, мастерам. Тогда 
галерея Уффици начала приобретать свой современный характер и становиться картинной галереей, аккомпанементом которой служат античные памятники и некоторые произведения прикладного искусства.
После Первой мировой войны у галереи Уффици оказались все основания претендовать на статус Национальной галереи, так как в Риме таковой не было. Сюда стали стекаться не только шедевры из собраний Флоренции, но и из других городов Италии.
После Второй мировой войны были сделаны важные приобретения (картины Лотто и Фоппа), возвращены произведения, утраченные во время войны (картины Мазаччо, Мазолино, Веронезе, Тинторетто, Тьеполо), а также галерея пополнилась частными коллекциями, завещанными государству.
Модернизация коллекций, перестройка помещений, перераспределение экспонатов между музеями Флоренции продолжается и в наши дни. В рамках расширения площади галереи в 2006 году были открыты дополнительные помещения, и площадь экспозиции увеличилась в два раза, позволив посетителям увидеть воочию то, что ранее находилось только в хранилищах.
Джотто, Боттичелли, Леонардо да Винчи, Рафаэль, Микеланджело Караваджо, Тициан… Имена, заставляющие замирать в сладостном предвкушении сердца ценителей прекрасного. Не говоря уже о великолепных образцах искусства Античности, а также произведениях (лучших произведениях!) художников французских, немецких голландских, фламандских… Лучшие художники, лучшие произведения.
Осмотр шедевров галереи Уффици начинается с образцов средневекового искусства Италии раннего Возрождения XIII – XV веков: «Мадонна Оньисанти» Джотто,
«Коронация Девы Марии» Лоренцо Монако,
«Полиптих» Бернардо Дадди,
«Благовещение» Симоне Мартини и Липпо Мемми,
«Мадонна с ребенком» Липпи.
Среди шедевров, составляющих коллекцию галереи Уффици, трудно назвать наиболее ценные. Однако некоторые полотна уже давно стали визитной карточкой знаменитой галереи.
Особенно гордится галерея Уффици двумя картинами великого флорентийского художника Сандро Боттичелли – «Весна»
и «Рождение Венеры».
На самого Боттичелли сильное впечатление произвел «Триптих Портинари» фламандского художника Хуго ван дер Гуса, выполненный с тщательностью в изображении деталей по заказу банкирского дома Медичи.
Флоренцию времен Медичи отличало не только великолепие видов и роскошь жизни, но и то, что именно здесь готовили лучших мастеров: так одной из самых знаменитых являлась мастерская художника Андреа Верроккьо. В галерее Уффици сегодня выставлена одна из лучших его работ «Крещение Христа».
Примечательно, что на этой картине есть один ангел (слева), которого рисовал совсем молодой Леонардо да Винчи, будучи учеником великого мастера.
Кроме того, в галерее не могло обойтись и без полотен самого Леонардо да Винчи, в том числе и его самых ранних работ, среди которых особого внимания заслуживает знаменитое «Благовещение», в котором стиль художника только проявляется, но еще находится под влиянием учителя Верроккьо.
В этом же зале (№ 15) выставлены недавно отреставрированные картины гармоничного Перуджино, умбрийского художника, работавшего во Флоренции в конце XV века («Оплакивание Христа»)
и «эксцентрика» Пьеро ди Козимо, автора чрезвычайно изобразительных композиций («Сошествие Святого Духа»).
В галерее Уффици выставлено единственное живописное произведение Микеланджело, хранящееся во Флоренции, знаменитое тондо (композиция в круге) «Святое семейство».
Среди работ флорентийских художников XVI века как образцы живописи этого периода специалисты отмечают полотно Альбертинелли «Встреча Марии с Елизаветой»
и портрет «Папа Лев X с кардиналами» Рафаэля.
Уже с начала XVI века роль ведущего художественного центра Италии переходит от Флоренции к Риму, куда переселяются Микеланджело и Рафаэль. Покидает Флоренцию Леонардо да Винчи и многие маньеристы. Наряду с Римом, в XVI веке главные позиции в искусстве Италии занимает венецианская школа.
В галерее Уффици находятся многие знаменитые картины лучших живописцев Венеции этой эпохи: «Венера Урбинская» Тициана,
«Мадонна с длинной шеей» Пармиджанино,
«Леда и Лебедь» Тинторетто.
На территории Уффици находится «Галерея автопортретов великих художников Европы». Эта галерея была основана еще в XVII веке и в ней находится четыре автопортрета русских художников (Кипренский, Брюллов, Репин, Кустодиев).
В Уффици много других замечательных и примечательных коллекций и экспонатов: члены семьи Медичи помимо картин приобретали античные статуи, древнегреческие и древнеримские скульптуры, среди которых имеется целый ряд шедевров.
В галерее Уффици собраны оригинальные работы, некоторым из которых более тысячи лет, а другие отражают один из периодов высочайшего искусства всех времен – период Возрождения, и благодаря великолепным помещениям и драгоценной коллекции шедевров галерею Уффици по праву называют «музеем превосходного».
