Территория Нового Афона и его ок­рестностей была заселена в глубокой древности, о чем свидетельствуют ос­татки каменной культуры первобытных людей, относящиеся к различным ступе­ням эпохи палеолита. В VI-V тысячелети­ях до н.э. на южном склоне Апсарской (Иверской) горы возникло поселение эпохи позднего неолита. Предполагают, что в IV-II веках до н.э. здесь существо­вало поселение городского типа, под­держивавшее торговые отношения со многими центрами Малой Азии и древ­ней Греции.

В V веке н.э. Новый Афон впервые упоминается как «Анакопия», которая на протяжении долгого времени считалась вторым по значимости адми­нистративным и культурным центром Абасгии (Абхазии), а уже в VII-VIII веках стала ее столицей. На генуэзских картах XIV—XVI веков Анакопия фиксируется под различными наименованиями: Никофия, Никопсия, Никоффа, Анакуфа, Анакопия. В начале XIX века ряд источников вмес­то Анакопии указывают ее абхазское на­звание — «Псырдзха», происходящее от наименования реки, протекающей через город и берущей начало невысоко в го­рах, в пихтовой роще «апсара». Таким образом, «Псырдзха» означает «родник пихтовой рощи». В период господства турок Анакопия пришла в упадок. Местность покинула основная часть абхазского населения. Лишь после вхождения Абхазии в состав Российской импе­рии в 1810 году начинается процесс постепенного заселения и возрожде­ния Анакопии. Царизм рассчитывал возродить христианство по всей Аб­хазии. С этой целью еще в 1851 году в Абхазии были учреждены духовная миссия и архиерейская кафедра. С 70-х годов XIX века в Абхазии раз­вернулось строительство небольших церквей и монастырей. Именно к это­му времени относится и возрождение очага православного христианства в Анакопии. Зачинателями этого яви­лись русские монахи. Вскоре после этого абхазские названия «Анакопия» и «Псырдзха» вытесняются религиоз­ным «Новый Афон», который стано­вится официальным названием. В 1888 году Новый Афон посетил император Александр III с супругой, императрицей Марией Федоровной,и сыном Николаем (будущим Николаем II). Императорская семья прибыла мо­рем на пароходе «Москва» и провела в Новом Афоне целый день. В честь этого события монахи построили на морском берегу часовню, установили у водопада мемориальную доску с надписью, а вдоль дороги от монасты­ря до церкви Симона Кананита, по ко­торой царь прошел пешком, высадили кипарисы (т.н. «царская аллея»). В том же году в Новом Афоне по­бывал великий русский писатель А.П. Чехов. В одном из своих писем он пи­сал: «Если бы я пожил в Абхазии хотя бы месяц, то думаю, написал бы с полсотни обольстительных сказок». В 1891 году, во время строительства Черноморской шоссейной дороги, здесь некоторое время работал вели­кий русский пролетарский писатель А.М. Горький. В 90-х годах при мона­стыре была открыта церковноприход­ская школа для подготовки из абхаз­ских детей служителей церкви, кото­рая выпустила всего около 100 чело­век. Однако из этой школы вышли не только религиозные деятели, но и профессиональные революционеры, такие как Нестор Лакоба, Василий Агрба, Игнатий Варданиа и другие. В 1997 году поселок Новый Афон был преобразован в город районного под­чинения.