В 1200 году члены муниципалитета и купцы начали строительство для общего прихода в центре города. Эта романская базилика была сооружена из обоженного кирпича. В 1251 году началась перестройка церкви в готический собор. Сначала планировалась церковь в виде зала, однако в последствии была возведена огромных размеров Базилика в высоком готическом стиле. На высоте 38,5 метров простираются своды впечатляющего центрального нефа, каждая из колоколен достигает 125 метров. Эта готическая церковь из оюоженного кирпича стала образцом для строительства около 70 церквей в окрестностях, прилегающих к Балтийскому морю.
В ночь на вербное воскресенье 1942 года при нападении на Любек битанских воздушных сил церковь Св. Марии была значительно повреждена. Еще сегодня об этом свидетельствуют обрушенные колокола в часовне южной башни. При восстановлении церкви, начавшейся в 1947 году, была освобождена закрашенная в период Барокко готическая живопись, многочисленные декоративные элементы, утерянные при пожаре, были заменены на новые.