Замок построен в XIII веке епископом Тобиашем из Бенешова и представлял собой постройку в готическом стиле, в дальнейшем несколько раз реконструировался. Первоначально замок Конопиште был построен по образцу французского замка как мощная готическая крепость прямоугольной формы с круглыми башнями по углам, что давало возможность максимально эффективно защищаться во время осад.

Один из последних владельцев замка был эрцгерцог Франц Фердинанд д` Эсте, наследник Австро-венгерского престола. Он был большим любителем охоты и оборудовал в замке механический тир, расширил уже ранее хранившуюся там коллекцию оружия и доспехов, а также создал несколько «охотничьих коридоров», украшенных добытыми трофеями — тысячами оленьих рогов, кабаньих клыков, чучел лисиц, экзотических животных и птиц. Кроме того, при эрцгерцоге в замке были устроены водопровод, канализация, проведено электричество, в центральном флигеле замка установлен гидравлический лифт (работавший за счет плотины, сооруженной на ближайшем пруду) и внесен ряд других технических инноваций для того времени.
Почти в таком виде Конопиште и дошел до нашего времени.