История Аматуса начинается еще в далеком 11 веке до нашей эры, когда здесь возникло первое поселение прогреческой народности етеокиприотов. Они пришли сюда из Пафоса и принесли с собой свою культуру и религию (поклонение Афродите). В 800 г. до н.э. тут поселились финикийцы, от которых остались развалины святилищ в акрополисе. Затем тут правили ассирийцы (707-669 гг. до н.э), египтяне (570-545 гг. до н.э) и персы (545-332 гг. до н.э.).
Примечательно, что когда царь Кипра восстал против персов, Аматус остался лоялен последним. В 332 до н.э. Андроклс, последний царь Аматуса, помог Александру великому в борьбе с персами и осаде Тира. Но уже после смерти Александра, Аматус перешел на сторону Птолемея, который построил тут порт.
В 58 год до н.э. Кипр стал провинцией Рима.
В 77-78 гг. до н.э землетрясение уничтожает город, но его отстраивают заново, а вместе с ним и новый храм Афродиты.
Христианство в Аматусе появилось к концу 4 века. Тогда св. Тихон изгнал идолопоклонников Афродиты из храма, а сам храм стали использовать в качестве христианской церкви.
В 7 веке город был разрушен арабскими набегами и заброшен.
Каждый управляющий Аматусом привносил свою религию, которая существовала параллельно с культом Афродиты или тесно с ним переплеталась. Так, в 10 веке до н.э. поселенцы с Крита, попавшие в Аматус, придали Афродите магические способности, она изображалась с поднятыми вверх руками.
Финикийцы сопоставили ее с Астарте и Афродита изображалась в виде обнаженной женщины. Она отвечала за рождаемость и любовь, была хранительницей семьи и богиней плодородия. При египтянах Афродиту ассоциировали с Хатор. Позже ее представляли как греческую богиню. Под воздействием птолемеев ее боготворили как Исис — богиню любви материнства и брака.
Афродита могла быть представлена и мужскими фигурами. Она была воинственной и представлялась с копьем, чтобы защитить династии и города, охраняла моря, так как появилась из морской пены, и защищала моряков. Из-за красоты ее называли золотой Афродитой, богиней золотой короны.
С Аматусом также связана легенда об Ариадне, дочери царя Миноса. Ариадна была оставлена беременной в Аматусе своим возлюбленным Теусом на пути с острова Крит в Афины. Считается, что она умерла во время родов. Ее гробницу можно найти в Аматусе.
