Интрамурос был основан испанцами на востоке острова Лусон, при впадении реки Пасиг в Манильский залив Южно-Китайского моря для защиты испаноязычных семей военных и администрации от нападений китайских пиратов. Место для основания города было избрано 24 июня 1571 года испанским конкистадором Лопесом де Легаспи, став ядром города Манила. Долгое время Манила и Интрамурос были синонимами, но быстрый рост города произошёл в ХIХ-ХХ веках.

Долгое время в его стенах проживали преимущественно испаноязычные семьи, но также и значительный контингент прислуги автохонного происхождения. В городе набирала обороты метисация, христианизация и испанизация. Город стал центром распространения католичества, а вместе с ним и испанского языка в Азии. Постепенно увеличивалось число семей смешанного происхождения.

Здесь же расположен Форт Сантьяго, который был классическим средневековым фортом, с длинными казармами для солдат, подземельями для хранения пороха и продовольствия, потайными ходами к морю и в город, тяжелыми крепостными воротами, подъемным мостом и сторожевой башней с узкими окнами-бойницами. Все сооружения форта были построены из крупного серого камня. Мощные крепостные стены находились под защитой нескольких пушек.

Еще начиная с 17 века, этот форт служил тюрьмой для филиппинских патриотов, самым знаменитым среди которых можно назвать Хосе Рисаля, известного филиппинского поэта и писателя. В конце 19 века он провел здесь последние дни перед расстрелом.

Прощай, мой дом желанный и солнце в ясной дали,
Жемчужина Востока, потерянный наш рай.
Пусть жизнь моя прервется, умру я без печали.
И если б сотни жизней мне в будущем сияли, —
Я с радостью бы отдал их за тебя, мой край!
Родные Филиппины, я вас зову проститься,
Вы боль моя и мука, душа моя и плоть.
Я ухожу, оставив любовь, родные лица,
Туда, где над рабами палач не поглумится,
Где честь не есть проклятье, а правит лишь Господь.
(Перевод П. Грушко)

и вот еще его цитата: Пока народ сохраняет свой язык, он сохраняет знак своей свободы.