Предлагаемый маршрут - для любителей пеших прогулок. Он дает возможность охватить самые главные достопримечательности города, но прежде всего - почувствовать его дух и красоту (если вы не окажетесь вдруг к ней чужды). Маршрут реален для людей с обычной физической подготовкой, но не испытывающих ужаса перед многочасовой ходьбой и готовых к тому, что вы устанете. Если вы не относите себя к таковым, но имеете в городе несколько дней, я рекомендую разбить его на несколько частей и проделать бОльшую его часть, чередуя с музеями и прочим. На этом маршруте посещение музеев не предполагается (хотя если успеете, можно зайти), его главный "герой" - Город.
Про достопримечательности на маршруте можно прочитать в многочисленных путеводителях и прочих материалах, я буду только их перечислять. Если вы не очень хорошо знаете город, наличие карты - обязательно.
Состояние маршрута - на лето 2008, с некоторой коррекцией зимой 2009.
Первый вариант начала маршрута - Московский вокзал (если вы приехали на поезде или от метро Площадь восстания, Маяковская). Я предпочитаю сразу идти пешком (до Дворцовой минут 40-45 моим шагом). Но можно проехать несколько остановок по Невскому до Фонтанки. Дальше ехать обидно: проедете знаменитых Клодтовских коней на мосту и толком ничего не увидите. Если же вы все-таки вылезете у Фонтанки, то можно просто идти пешком по Невскому, но лучше пройти налево по набережной Фонтанки до улицы зодчего Росси с ее уникальным ансамблем и вернуться на Невский через эту улицу и Екатерининский сквер. Напротив сквера на Малой Садовой - пешеходня зона и интересные современные скульптуры, например, в противоречии с Кустурицей, черный кот и белая кошка на угловых домах на уровне второго этажа.
Второй вариант: от метро Невский проспект (Гостиный двор). Тогда вы сразу выходите в районе пересечения Невского и канала Грибоедова. Там столько досторимечательностей, что если начну перечислять, то точно что-то важное забуду. Упомяну лишь Казанский собор, скрытый за ним Банковский мостик с знаменитыми грифонами и вдалеке храм Спаса на крови (к нему мы приблизимся позже).
Двигаемся по Невскому, пересекаем Мойку, чуть подальше по Невскому заходим под арку Главного штаба и выходим на Дворцовую площадь. По возможности не торопитесь, оглядите ее с разных ракурсов, полюбуйтесь Зимним дворцом, обратите внимание, как показываются шпиль Адмиралтейства и купол Исаакия. Для меня это одно из красивейших мест в мире.
Прежде, чем уходить с Дворцовой, сделаем совсем небольшое ответвление: выйдем с угла Дворцовой к Певческому мостику. По дороге вас будет ждать очень неожиданнывй ракурс здания Генштаба. От Певческого мостика идем к Зимней канавке, вдоль Зимней канавки - до Миллионной улицы, где у здания Эрмитажа "Атланты держат небо на каменных руках" - и снова выходим на Дворцовую.
После Дворцовой двигаемся к левой ее части (если стоять лицом к Зимнему), пересекаем Невский и по скверу вдоль Адмиралтейства двигаемся к Исаакиевскому собору. Дальше сам Исаакий, площадь Декабристов (бывшая Сенатская), Медный Всадник - нужно ли что-нибудь добавлять к этому перечислению? Добавлю только то, что если есть силы и нет очереди, можно забраться на колоннаду Исаакиевского собора, чтобы поглядеть на город сверху. Летом колоннада открыта и ночью, поэтому можно полюбоваться вечерними и ночными видами.
Идем дальше по набережной Невы или по Галерной улице (проход под аркой) до Благовещенского моста (бывший мост лейтенанта Шмидта), переходим по мосту на Васильевский остров и идем по набережной в обратную сторону. Вскоре перед нами Академия художеств, на набережной перед которой - Египетские сфинксы, самая древняя достопримечательность Петербурга. Я обязательно прихожу сюда, не мысля свидание с городом без встречи со сфинксами, хотя строго говоря, среди главных достопримечательностей они не числятся. Затем двигаемся дальше по набережной вдоль Меньшиковского дворца, старого здания Университета, Кунсткамеры.
Если вы торопитесь, то можно пропустить эту часть маршрута, и от Исаакиевского собора нужно вернуться вдоль Невы или другим путем назад и перейти Дворцовый мост. При обоих вариантах мы выходим на Стрелку Васильевского острова. Любуемся панорамой, зданием Биржи, Ростральными колоннами. Летом лучше попасть сюда в то время, когда работает цветомузыкальный фонтан: точное расписание мне неведомо, но чаще он работает во второй половине дня.
Обогнув Стрелку, по Биржевому мосту переходим на Петроградскую сторону. Двигаемся вдоль Невы и по мостику переходим на Заячий остров, к Петропавловской крепости. Если не отвлекаться на подробный осмотр, то можно пройти ее "насквозь", войдя с одной стороны, а выйдя с другой, в сторону Петроградской. Тк можно (бесплатно) посмотреть территорию, собор снаружи, Шемякинский памятник Петру. Другой вариант - обойти крепость снаружи по Неве. Дальше почти сразу же Троицкий мост с очередной панорамой - и возвращение в центральную часть города.
Я думаю, что к этому времени ваши ноги уже будут жаждать отдыха, поэтому (в летний сезон) стоит обратить внимание на многочисленных зазывал на водную экскурсию по малым рекам и мостам Петербурга, дальше по маршруту вы встретите их скорее всего не раз. На экскурсию - около часа - поехать нужно, это замечательный и довольно неожиданный ракурс города.
Пеший же маршрут идет через Марсово поле (увы, Летний сад вот-вот закроют на реконструкцию - и надолго). Он приводит нас к Михайловскому (Инженерному) замку. Его кусочек можно кстати посмотреть, не раздеваясь и не покупая билеты - из той зоны, что до билетного контроля. Осмотрев его, идем вдоль Мойки до ее пересечения с каналом Грибоедова, откуда открывается великолепный вид на Спаса на Крови. Далее вдоль канала Грибоедова до Русского музея и через площадь Искусств и Михайловскую улицу возвращаемся на Невский, практически замкнув круг. На Невском можно провести остаток дня в соответствии с вкусами и интересами.

По данным Гугла, длина маршрута - 12 км. На самом деле скорее всего за счет различных ответвлений несколько больше. Поэтому примерный рассчет времени такой: чистого хода, если не очень торопиться - 4 часа. Можно добавить - час на Исаакий (залезть-спуститься), полтора часа на водную экскурсию (она час идет плюс на ожидание), час на обед, полчаса на разные мелочи - итого 8 часов.