Небольшая деревянная Богоявленская церковь, построенная в 1633 году, называлась ещё и как Христокрещенская, и имела два престола:
в честь Крещения Господня

и во имя преподобного Михаила Малеина — византийского подвижника, основателя ряда монастырей на Киминской горе, основателя Великой Лавры Афона, небесного покровителя Государя Михаила Федоровича Романова.

С воцарением династии Романовых появились семейные иконы со святыми, соименными всем членам царствующего рода. Самой ранней является икона написанная как моленный образ семьи Михаила Федоровича.

Изображению Богоматери "Знамение", помещённому в центре в облачном сиянии, слева предстоят преподобный Михаил Малеин рядом с мученицей Евдокией — это ангелы самого царя и его супруги Евдокии Стрешневой;
над ними возвышается фигура царственной великомученицы Ирины, соименной первой дочери, родившейся в 1627 году;
справа, в пандан царскому святому, представлен Алексий, человек Божий, в честь которого был наречен первый сын и будущий царь Алексей Михайлович (род. в 1629);
за ним следует святой Иван Белгородский, тезоименитый второму сыну — Иоанну Михайловичу, родившемуся в 1633 и умершему в 1639 году;
выше — фигуры праведной Анны и мученицы Татьяны, предстательствующие за дочерей царя — Анну Михайловну (род. в 1630) и Татьяну Михайловну (род. в 1636), переживших своего царственного брата.


Деревянный храм неоднократно страдал от пожаров, но каждый раз его снова восстанавливали. Через сто лет, в 1737 году, в храме было уже три придела: во имя Богоявления Господня,

во имя пророка Илии,

во имя Архистратига Михаила — главного Архангела, которого в православии называют Архистратигом, что означает — глава святого воинства Ангелов и Архангелов.


В апреле 1741 года церковь сгорела полностью, без надежды на восстановления на этом месте.
Следующая деревянная церковь была четырехпрестольной: в честь Богоявления Господня, в честь иконы Божией Матери Одигитрии, во имя Архистратига Михаила и во имя пророка Илии.
Весной 1770 года на Базарной площади произошел крупный пожар. Раздуваемый ветром огонь охватил деревянные купеческие лавки близ церкви Богоявления. В результате храм был почти полностью утрачен. Через год, в 1771 году, вместо сгоревшей церкви Богоявления Господня вновь была построена деревянная церковь святого Архангела Михаила.
Через пять лет, в 1776 году, было решено возвести вместо деревянной церкви — новую, каменную.


Заложен каменный двухэтажный храм был в 1777 году, метров на сто к западу от прежних, ближе к реке Томь. А на том месте, где у деревянных храмов находился алтарь и святой престол, по церковному обычаю, был устроен небольшой памятник, который в 1858 году убрали и соорудили Иверскую часовню.



Церковь строилась только на средства прихожан и жертвователей, постоянного источника денег на строительство не имелось, поэтому оно шло неравномерно и долго. Нижний этаж каменной церкви был построен и освящен в честь Богоявления Господня 23 ноября 1784 года. Строительство верхнего придела во имя пророка Илии растянулось на сорок лет, и завершено было лишь в 1817 году.
.

С 1857 по 1860 год на средства Елабужских купцов П.В. Михайлова и С.П. Петрова был устроен на нижнем этаже Михаило-Архангельский придел, освященный Епископом Томским Парфением.
В 1901 году на втором этаже храма был освящён придел в честь Спаса Нерукотворного образа.

фото архива

С 1898 года при храме работала церковно-приходская школа, в церковной библиотеке хранилось до 400 книг, по сведениям 1914 года — до 850 книг. На попечении храма находилась Губернская мужская гимназия.
..

В апреле 1920 года храм был национализирован и в августе передан по договору в бесплатное бессрочное пользование зарегистрированной приходской общине.
В 1922 году во время конфискации церковного имущества в помощь голодающим были обвинены в сокрытии ценностей и арестованы настоятель Богоявленской церкви и староста.
.

Богослужения в храме продолжались до января 1930 года, затем в здании храма разместились курсы "Сибжелдорстроя".
В 1942 году все помещения церкви были переоборудованы под цеха эвакуированного в Томск московского завода "Красный Богатырь", который размещался здесь до 1946 года.
В 1947-1994 годах здание храма занимал Томский завод резиновой обуви.


За время эксплуатации заводами здание храма очень сильно пострадало: были сняты колокола и кресты с храма, полностью утрачен восьмерик с куполом, разрушены завершения колокольни и храмовой части, а к фасаду пристроены двухэтажные здания, срублен декор и изменена форма окон.


Весной 1997 года церковь была взята на государственный учет как вновь выявленный памятник истории и культуры. Начались широкомасштабные работы по разборке цехов бывшего завода и высвобождению здания храма от заводских пристроек и надстроек. Несколько лет ушло на то, чтобы убрать тонны обломков кирпича и мусора.

Согласно проекту, рядом с Богоявленским собором сооружались учебные и жилые корпуса Томской духовной семинарии и церковно-административные помещения.
В январе 2000 года епископом Томским Ростиславом был освящен первый восстановленный придел архангела Михаила и совершено первое богослужение.
В июне 2001 года на колокольню собора были подняты и установлены 11 колоколов.


Иконы для иконостасов второго этажа храма были изготовлены в иконописной мастерской Московской духовной академии, причём в качестве образца для них были выбраны иконы кисти преподобного Андрея Рублева из иконостаса Троицкого собора Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.

В январе 2003 года состоялось освящение собора:
Ильинского придела на первом этаже,
Богоявленского и Пантелеимоновского приделов на втором этаже.


Двухэтажное кирпичное здание построено в стиле сибирского барокко, имеет традиционную трехчастную схему: храм с апсидой — трапезная — колокольня.

Внутреннее пространство церкви, апсиды, трапезной и притвора разделено на два этажа.
Верхний ярус представляет собой единое помещение, к его уровню ведет широкая мраморная лестница. В помещении паперти расположена крестильная с большой купелью, с возможностью полного погружения в ней при крещении взрослого человека.
Иконостас высокий, четырехъярусный, он поднимается практически на всю высоту четверика. Особенностью его местного яруса является то, что над диаконскими дверями изображены сибирские святые: слева — святители Иоанн Тобольский, Макарий Томский и Иннокентий Иркутский, справа — праведный Петр, святой старец Феодор и блаженная Домна Томские.
Приделы второго этажа смотрятся более нарядными и торжественными, нежели нижние из-за особенностей самого помещения, и потому что расписаны замечательными фресками.

Святыни:
— Частица св. мощей вмч. Пантелеимона Целителя в серебрянном ковчежце. Привезена в 2001 году епископом Томским Ростиславом из Московской Патриархии.

— Алтарное Распятие, к которому прикреплена звездица, хранящая частичку того Креста, на котором был распят Господь Иисус Христос.
.
— Почитаемый список образа Божией Матери "Неупиваемая Чаша". Дар Серпуховской Высоцкой обители.

Престольный праздник — Богоявление (Крещение Господне) — 19 января.
В Православной церкви праздник принадлежит к числу двунадесятых, отмечается 6 января по старому стилю и 19 января по новому календарю и завершает Рождественские святки.