Впервые это древнее поселение упоминается в 1358 году в Духовной грамоте Великого князя —
Ивана Ивановича Красного, сына Ивана Калиты.
Как село, Афинеево, записано в 1627 году — в Писцовой книге, вотчиной Ивана Патрикеевича Милюкова, которое в Смутное время превратилось в пустошь, сгорела и старая деревянная
церквушка на берегу реки Десна.

В XVIII веке строительство Предтеченского храма в Афинеево было начато Александром Протасьевым — владельцем села, а его сын Михаил достроил каменное здание.
Церковь типа восьмерик на четверике в духе московского барокко выстроена бригадой местных
крестьян под руководством Григория Алексеева и Герасима Иванова с 1704 по 1709 год.

Реконструирована церковь в стиле псевдоготики на рубеже XVIII-XIX веков, тогда же была
построена колокольня. Несколько десятилетий того же века селом владел род Волынских.
В этот период времени храм был покрыт железной крышей и перестроена одна из глав.

Была надстроена одна из апсид, возведен портик с четырьмя греческими колоннами.

Поблизости от церкви Захаром Волынским был возведен каменный барский дом, к сожалению,
не сохранившийся до наших дней. Усадьба была роскошной, с флигелями, парком, беседками
и каскадными прудами.

В 1913 году усадьбу Афинеево приобрёл известный театровед и купец Алексей Бахрушин,
основатель московского театрального музея. По его воспоминаниям в храме в тот период времени находилась достаточно необычная деревянная скульптура в человеческий рост. Она была расположена в нише, отгороженной решеткой от основного помещения церкви. Эта ниша символизировала темницу, а скульптура изображала Христа перед казнью.

Он принялся за капитальное переустройство и обновление усадьбы. Возвёл въездные ворота, построил лестницу к реке. В имении появился птичник, скотный двор, огород и пасеки. Бахрушины рассчитывали жить здесь долго, но начавшаяся Первая мировая война, пожар уничтоживший в 1916 году усадебный дом и последовавшая революция нарушили их планы.

В отличие от многих подмосковных церквей, в период советской власти храм оставался действующим, по этой причине здание не подверглось разрушению. Над храмом властвовало
лишь время. Бывая в тех краях, я запомнила церковь в красных тонах с белокаменным резным декором, полузаваленной ржавой оградой, да перекошенной аркой, вместо Святых ворот.

Летом этого года, проезжая мимо, я не узнала старой церкви!
Видно пришёл и её черёд на реставрацию. Стоит она теперь в благородных пастельных тонах,
как новенькая, только вот вокруг, пока, не облагороженная территория. Дело времени, скоро
она будет не кладбищенской сельской церковью, а красивым, почти столичным храмом.
До Москвы, всего лишь — 25 километров!