Древнейшая московская церковь, основанная Василием III предположительно в 1518 году, первоначально была деревянной, освящена во имя иконы Владимирской Божьей Матери. Первый каменный храм, построенный на месте деревянной церкви, был возведен в 1685 году и простоял до середины XVIII века. В отстроенном храме придел освятили в честь Никиты Мученика. Строительство храма, сохранившегося до наших дней, иногда связывают с Петром I.

В 1728 году на Новой Басманной улице в Капитановой слободе по чертежам самого Петра I был возведен новый храм Петра и Павла. Контраст между Петропавловским храмом на Новой Басманной и Никитской церковью на Старой оказался слишком разителен. Пострадавший во время пожара 1737 года Никитский храм жители слободы решили перестроить. Барочный храм великомученика Никиты в Старой Басманной слободе был возведен в 1745-1751 гг. на средства купцов А. Бабушкина, И. Кириллова, И. Рыбникова, В. Прохорова и др. Церковь освящена в 1751 году, главный престол — во имя иконы Владимирской Божьей Матери, придел — во имя Никиты Мученика, по которому и названа Никитской. Второй придел по просьбе купцов, на чьи пожертвования возводился храм, в честь Рождества Иоанна Предтечи. Архитектор Д.В. Ухтомский (по другим данным А. Евлашев или К. Бланк), по проекту которого был построен храм, задействовал в постройке старые стены храма, а из бывшей церкви устроил трапезную с двумя приделами, тем самым сохранив постройку XVII века. Новый храм в стиле елизаветинского барокко был возведен с восточной стороны, колокольня — с западной.

Московский пожар 1812 года обошел стороной храм и близлежащие постройки. 20 августа 1830 г. в храме на отпевании своего дяди, поэта В.Л. Пушкина, присутствовал А.С. Пушкин. Под его сводами молились К.Н. Батюшков, П.А. Вяземский, Ф.С. Рокотов, Иван Муравьев-Апостол и его три сына-декабриста Сергей, Матвей и Ипполит, Марина Цветаева.

В 1905 году в церкви случился пожар. В огне сгорел образ святого Василия Блаженного. Но как оказалось, это было только началом испытаний.

После закрытия храма в 1933 году, он был разграблен и разорен. В разное время помещение использовалось как учебная аудитория, склад и общежитие.

В 1994 год храм был передан РПЦ и отреставрирован (арх. Н.Д. Недович), а в 1997 году освящен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II.