Строительство начато по указу графа Григория Дмитриевича Строганова в 1680-х годах в Гордеевке.

22 декабря 1694 года был освящен придел в честь Киево-Печерских чудотворцев Антония и Феодосия, 25 июля 1697 года – главный престол в честь Смоленской иконы Пресвятой Богородицы «Одигитрия».
Помещение церкви невелико, поскольку оно было рассчитано на семью купца Григория Дмитриевича Строганова и людей, живших в усадьбе графа.

В архитектуре этой церкви своеобразно применен ордер и резной орнамент в духе западноевропейского барокко, что коренным образом отличало ее от храмов середины XVII века.

Высокий зал церкви перекрыт сомкнутым сводом, поднимающимся к центральной световой главе. Столбов, характерных для русских храмов, внутри церкви нет, что позволило строителям увеличить объем здания. Пространство храма зрительно расширялось за счет света, льющегося из больших окон, расположенных в два яруса.

Соответственно этому на фасадах, в простенках между окнами, в два яруса поставлены колонны коринфского ордера. Все четыре стороны главного объема завершаются фигурными фронтонами, над которыми высятся пять глав. Малые глухие главы имеют шлемовидную форму и покрыты зеленой поливной черепицей.

Следует отметить высокое качество кузнечных работ, для которых Г. Д. Строганов нанял известного балахнинского кузнеца Кондрата Прокофьева.

После переезда Строгановых в Москву в 1705 году Смоленская церковь стала приходской.

Храм был закрыт в 1930 году, использовался как музейный склад. Вновь открыт в 1993 году.

Во второй половине XIX века рядом со Смоленской церковью был построен храм в честь Владимирской иконы Пресвятой Богородицы с приделами в честь Покрова Пресвятой Богородицы и святителя Николая.