В 1191 г. основан Богородице-Рождественский монастырь. В 1192 г. осуществлена закладка собора: «В то же лето заложи благоверный и великий князь Всеволод Юрьевич церковь Рождество святыя Богородиця, в граде Володимири; почата же бысть здати месяца августа 22 день на память святаго мученика Агафоника и дружины его при блаженном епископе Иоане». В 1192 — 1195 гг. строился Богородице-Рождественский собор. 29 октября 1196 г. собор освящен.
В 1199 г. монастырь пострадал во время пожара. В 1219 г. состоялось новое «великое освящение» собора.

В 1230 г. учреждена архимандрия. «Рождественская обитель стала называться великою архимандриею». В 1238 г. монастырь разорен татарами.

23 ноября 1263 г. под сводами собора погребен св. блг. великий князь Владимирский Александр Невский.

В 1491 г. во время городского пожара «и церковь Пречистые Рождество в монастыре внутри града выгоре», «и внуть церкви тоя все выгоре и с людьми». После пожара, по-видимому, произошло разрушение собора. В 1536 г. во время пожара «рождественаго монастыря половина згорела».

В 1561 г. указом царя Ивана Грозного первенство в иерархии русских монастырей перешло от Рождественского монастыря к Троице-Сергиевской Лавре.

В 2000 г. во время празднования двухтысячелетия христианства Богородице-Рождественский монастырь с великим торжеством принял святыню – честные мощи святителя Афанасия Ковровского. В 1920 г. он был наместником этой обители. После прославления святителя в лике новомучеников и исповедников Российских на юбилейном Соборе в августе 2000 г. по благословению Святейшего Патриарха 14 октября 2000 г. состоялось обретение честных мощей святителя Афанасия на Князь-Владимирском кладбище во Владимире. 29 октября того же года крестным ходом святые мощи были перенесены из Князь-Владимирского храма в Богородице-Рождественский монастырь.

21 августа 2004 г. в дни празднования 790-летия создания Владимирской епархии состоялось торжественное освящение нового Богородице-Рождественского собора. Постройки монастыря в настоящее время: Архиерейский дом с Христорождественским храмом, Богородице-Рождественский храм-памятник, колокольня с церковью во имя св. блгв. кн. Александра Невского, святые ворота, часовня свт. Николая Чудотворца, семинария, кельи, службы, ограда XVII-XIX вв.

На территории монастыря находятся епархиальный центр, духовная семинария.