Согласно писцовым книгам, в 1623 году в деревне Люберцы насчитывалось всего десять дворов. Однако строительство в 1632 году Преображенского храма приводит к более интенсивному заселению люберецкой земли.

Благодаря наличию в селе церкви, Люберцы становятся центром округи и разрастаются. Ширятся окрестные деревни: Панки, Подосинки, Жулебино.

В 1821 году были пристроены два придела: Успения Божией Матери и Рождества Христова, немного изменился внешний вид храма, который сохранился вплоть до сноса в 1936 году. После большестстского декрета 1918 года об отделении Церкви от государства проводилась усиленная работа по закрытию храма.

Многие священнослужители храма были арестованы. Среди них — священномученики Александр (Виноградов) и Константин (Соколов).

Перед разрушением церкви проводится сбор подписей за снос «очага бескультурья». По воспоминаниям современников, за подпись давали отрез сукна. Официальная причина сноса — мешает расширению рязанской дороги.

В 1936 году церковь закрыли, а имущество частично сожгли, частично свезли в подвал одного из цехов завода им. Ухтомского. Центральное паникадило долгое время «украшало» зал заседаний Люберецкого обкома.

В здании храма пытались сделать клуб, затем спортзал. После неудачных переделок храм был разобран, церковное кладбище за алтарной стеной снесено. На месте разрушенного храма и кладбища ныне располагается городской стадион «Торпедо».

В 1993 году среди православных жителей города возникло движение по возрождению святыни. Инициаторами благого дела выступили работник завода им. А.В. Ухтомского. Городской администрацией было выделено место под строительство нового храма.

12 сентября 1993 года архиепископом Можайским Григорием на месте строительства нового храма был освящен закладной камень и поставлен памятный крест. Вскоре было построено здание небольшой рубленой часовни.

В 1996 году к часовне была пристроена колокольня с притвором, в 1997 году — алтарная часть.

Таким образом, небольшая часовня превратилась в красивый уютный храм, вмещающий до трехсот молящихся.

Храм был освящен 5 июля 1998 года архиепископом Можайским Григорием в честь выдающегося подвижника русской земли — святителя Иннокентия, митрополита Московского, просветителя Сибири, Камчатки, Америки и Приамурья.

В 2008 году рядом был построен большой каменный храм Преображения Господня.