Церковь Святого Николая расположена в самом центре Батуми. Этой церкви больше 150 лет и она является одной из старейших в Батуми. Инициатором постройки церкви стало греческое население Батуми во главе с главой города греком Ильёй Ефремиди.

В 1854 году, когда Ефремиди становится новым главой города, он проводит масштабные строительные работы. Это понравилось турецким властям, и они дали разрешение на постройку храма, но без колоколов.

В 1865 году греки начинают строительство храма на земле, пожертвованной в пользу храма Ильёй Ефремиди. Деньги на строительство были собраны прихожанами. Храм стал не просто культовым зданием, здесь была сфокусирована долгое время вся жизнь греческого населения Батуми. Здесь с 1894 по 1898 гг. функционировали женская и мужская школы, а также располагался церковный хор, который считался одним из лучших в Батуми. В 1878 году русские военные привезли колокол, который и сегодня украшает храм.

Церковь Святого Николая до постройки Собора Рождества Пресвятой Богородицы была кафедральным собором. Первые молебны были отслужены в 1871 году. В начале 20-го века греки острова Хиоси преподнесли церкви иконы Святого Николая, Пресвятой Богородицы и Святого Георгия. На западной стене храма находится памятный камень, где по-гречески написано: «Греческая церковь Святого Николая. Годы строительства 1865-1871».

Церковь до строительства Рождественского собора (1865), была кафедральным собором.
Первую литургию отслужили здесь в 1871 г. В 30-х гг. эту церковь постигла та же участь, что и все храмы города в период репрессий 37-го года. Никольский храм был закрыт.
в 1941 г. в Батумский государственный музей были перенесены книги богословского содержания. Только после второй мировой войны представительницы интеллигенции Елизавета Харламповна Котиди и княжна Тамара Михайловна Накашидзе обратились Католикосу-Патриарху Всея Грузии Калистрату (Цинцадзе) с просьбой об открытии и восстановлении церкви Св.Николая. После получения согласия от самого Сталина (Калистрат Цинцадзе в молодости учился с будущим отцом народов в духовной семинарии), началась реставрация церкви на добровольные пожертвования православного населения — греков, армян, русских, грузин. В 1946 году церковь была торжественно открыта. Литургию отслужил сам Патриарх Грузии.