Францисканский монастырь примыкает к Капелле Явления Воскресшего Господа Пресвятой ДевеКапелла встречи матери и сына с северной и восточной сторон. Размещается он в нескольких зданиях вплотную примыкающих к Храму Гроба Господня. Первоначально в этих помещениях располагалась резиденция Константинопольского патриарха и епископа, представляющего интересы патриарха в Иерусалиме.

Окна монастыря в первоначальном варианте выходили на широкий четырёхугольный двор, со стороны которого лучи солнца попадали в Ротонду. Из Патриаршей резиденции были сохранены на первом этаже стены и мезонин, почти 11 метров высоты.

Раньше допускалось, что епископ Иерусалима мог пройти через ворота Святой Марии ( другие названия : Львиные, Гефсиманские, Овечьи, Стефановы ворота) и войти в Храм Гроба Господня через монастырь,а через вход с Атриума. Ныне лестница через которую это можно было сделать заложена.

В монастыре имеется часовня крестоносцев, использующаяся для празднования Святой Мессы для групп паломников с 1719 года. Дверь в задней части зала приводит к одной из многочисленных цистерн, высеченной в скале и использующейся до сих пор для хранения дождевой воды. Во время археологических раскопок здесь были обнаружены остатки оборудование для прессования винограда и оливок, связанных с емкостями, в которых сжатые продукты были собраны и сохранены. Вино и масло были необходимы как для литургии, так и для пищи.

Здесь же хранятся меч и шпоры Готфрида Бульонского. Этим мечем крестоносцы во времена их владением Иерусалимом посвящали отличившихся воинов в рыцари Святого Гроба.