Мечеть Ал-Акса, «Крайняя», знаменует вознесение Магомета на коне Аль-Бурак — «Молния». Она поставлена на юге от Скалы, с тем чтобы мусульмане не молились на еврейский храм. Нынешнее сооружение было заложено халифом Абд аль-Маликом и относится в основном к VIII веку. Мечеть была первоначально маленьким молитвенным домом, построенным халифом Умаром, потом была восстановлена и расширена. Во времена крестоносцев именно тут была штаб-квартира ордена Тамплиеров.

После завоевания Иерусалима крестоносцами в 1099 г. мечети на Храмовой горе были превращены в церкви: Купол Скалы стал храмом Господним, а ал-Акса — храмом Святого Соломона. Между ними располагался монастырь Храма и квартал тамплиеров. Последние, в поисках «сокровищ царя Соломона», производили раскопки на Храмовой горе. После того, как город был отвоеван Салах ад-Дином, церкви крестоносцев вновь стали мечетями.

Мечеть ал-Акса неоднократно разрушалась землетрясениями в связи с дефектами конструкции. Храм со всех сторон был облеплен различными служебными постройками ордена, которые были полностью удалены в ходе реставрационных работ 1938-42 годов, проводившихся в том числе и за счет средств Муссолини. С 1948 года реставрационные работы в мечети производились на средства королевской семьи Иордании.
В 1951 г. в ней был убит иорданский король Абдалла, а будущий король Хусейн, его племянник и преемник, правивший до 1999 г., чудом спасся благодаря массивному украшению на шее. На колоннах видны до сих пор следы выпущенных пуль. В 1969 года Деннис Майкл Рохан вообразил себя посланником Господа и совершил акт вандализма — устроил пожар в мечети Аль-Акса. Как считают, у Рохана был иерусалимский синдром (психическое заболевание, которое поражает некоторых туристов или паломников в Иерусалиме: они представляют себя библейскими персонажами). В огне пожара погиб находившийся в мечети минбар (кафедра с лестницей для чтения Корана и проповедей) Салах ал-Дина, прогорел потолок здания, пострадали стены.