Эфиопский монастырь расположен прямо на крыше Храма Гроба Господня.
Но и там, на крыше, нет мира между конфессиями. Ранее монастырь на крыше Храма находился в распоряжении христиан-коптов. Однако в 1970 году, когда коптские монахи спустились вниз на молитву, произошел настоящий "рейдерский захват" — крышу и монастырь захватили представители эфиопской церкви, которые сменили замки на всех дверях. Копты отказались признать факт захвата, и с того момента отношения между двумя конфессиями оставались крайне напряженными.
Была достигнута договоренность, согласно которой один из коптских монахов продолжает присутствовать на занятой эфиопами крыше в четко отведенном месте. В 2002 году это стало причиной нового конфликта: спасаясь от жары, монах передвинул свой стул в тень, что было расценено эфиопскими христианами как посягательство на их территорию. В последовавшей стычке пострадали одиннадцать монахов — семеро эфиопских и четверо коптских.
В 2007 году Коптская и Эфиопская ортодоксальные церкви торжественно провозгласили "единство веры, верность общему свидетельству и готовность углублять и расширять сотрудничество" путем подписания совместной декларации предстоятелями этих древних восточных Церквей.
Постройки эфиопского монастыря весьма интересны — в центре высится купол подземной церкви святой Елены, здесь же сохранились развалины внутренней галереи монастыря крестоносцев XII-XIII веков, а среди руин помещаются маленькие кельи эфиопских монахов, вытесненных на крышу в 1660 году. Они представляют собой маленькие глиняные хижины, в нишах позади хижин висят колокола. Согласно верованиям эфиопов эфиопские цари — потомки царя Соломона. Царица Савская предприняла путешествие в Иерусалим, привлеченная молвой о мудрости Соломоновой. Домой царица вернулась с верой в единого Бога, и что не менее важно, понеся во чреве сына Соломонова, ставшего царем Эфиопии Менеликом Первым. Согласно преданию, та же царица Савская увезла с собой в Эфиопию Ковчег Завета из Иерусалимского Храма, а последущие поколения эфиопских священников скрыли его, как прячут лист в лесу – поместив в каждом храме подобие ковчега, и лишь в одном из них хранится и поныне истинный Ковчег Завета. Утверждается, что святыня вернется в Иерусалим после второго пришествия Иисуса.
Эфиопская литургия имеет александрийское (коптское) происхождение, с XIII века Эфиопская Церковь подчинялась Коптской, издревле все епископы в Эфиопии были египтянами-коптами, назначенными Коптским патриархатом. Более того, на протяжении многих веков единственным епископом в Эфиопии был митрополит-копт. С начала XX века Эфиопская Церковь стала требовать большей автономии и избрания местных епископов.