После того как в начале XIX века наполеоновские войска разогнали францисканский монастырь, судьбы монастырской церкви Сан-Франциско некоторое время висела на волоске: земля и остатки построек были проданы в частные руки, так что здание храма новые владельцы запросто могли снести. К тому времени монастырь и его церковь уже давно отметили пятисотлетний юбилей, являясь историческим памятником; облик церкви изменился в XVIII столетии, когда она обрела новые черты во время реставрации, что ничуть не уменьшило значение здания. Вдобавок, в церкви находились значительные культурные богатства, накопленные ещё в средневековье. Под давлением этих обстоятельств правительство решило сохранить здание, а прошедшая сравнительно недавно реставрация улучшила его внешний вид насколько это возможно.